Palabra de origen Náhuatl que significa: lugar sobre arena (xalli arena y pan sobre). Se le agrega el apellido del misionero Fray Junípero Serra.

El escudo de armas de este municipio contiene en su simbología la historia de su fundación, realizada el día 21 de abril de 1744 por el capitán José de Escandón y Helguera, además de la idolatría, evangelización y pacificación de los indios, mezcla de dos culturas, construcción de dos templos guiados por la Orden de los Franciscanos.

Todo ello se encuentra representado en cuatro elementos: el primero, “la idolatría” que está representada por la diosa Cachúm tallada en piedra; el segundo, “La espada y el escudo de los brazos cruzados”, representando la pacificación y evangelización por Escandón y el príncipe de los misioneros Fray Junípero Serra; el tercero; “águila bicéfala devorando una serpiente” cuyo significado sería la fusión de dos razas, española y chichimeca pame; y el cuarto y último elemento que simboliza la construcción de las dos Misiones, Santiago de Jalpan y Tancoyol.

Jalpan de Serra está enclavada en el corazón de la Sierra Gorda, región que sirvió de frontera natural entre los grupos sedentarios, agricultores y mineros de Mesoamérica, y los grupos nómadas del Norte (Aridoamérica), quienes eran cazadores y recolectores.

Las poblaciones indígenas mesoamericanas más importantes de la región serrana se asentaron en Toluquilla, Ranas, Tancoyol,  Saucillo, Moctezuma, Tilaco, El Sabino, Quirambal, Acatitlán y La Gata, donde se advierte la gran influencia Olmeca, Teotihuacana y Huasteca que recibieron, tal y como lo demuestran los utensilios y objetos diversos de barro, obsidiana, piedras, huesos y otros materiales hallados ahí.

Dentro de los grupos que por aquí pasaron, destaca el de los Huastecos. Las huellas palpables que dejaron en esta región hicieron que fuera considerada como una gran extensión territorial llamada Huasteca Queretana y que después de la conquista fuera olvidada como tal, convirtiéndose en la Sierra Gorda de Querétaro.

Geográficamente resulta complicado establecer los límites de lo que se ha llamado Huasteca.

Según las tradiciones, leyendas o historias que se cuentan, el fundador de las Huastecas o la Huasteca es el cacique Cuextécatl. Dicen las malas lenguas y las buenas también que hace muchos años se reunieron los jefes de algunos pueblos prehispánicos y después de su reunión, congreso o convención y de quizá haber firmado algún convenio favorable a sus intereses, se animaron a brindar por dicho acontecimiento y se echaron entre pecho y espalda cuatro pulques cada uno, no más; pero Cuextécatl  se excedió y se tomó uno más, mismo que originó los desfiguros que protagonizó: se quitó el maxtle (taparrabo) y de seguro cometió algunas otras tropelías, por lo que el escándalo fue mayúsculo. Cuando el cacique tomó conciencia de sus actos se avergonzó tanto que se echó a correr, seguido por quienes hablaban su misma lengua o sea sus súbditos. El caso es que Cuextécatl corrió hasta llegar a Pánuco. Sus seguidores Cuextécos o Huastecos, para que su jefe no se sintiera tan mal, decidieron despojarse de sus maxtles. Ese acontecimiento y la desnudez de los Huastecos se expresan notablemente en su cerámica, caracterizada por figuras eróticas, así como en objetos diversos, donde plasmaron figuras desnudas.